In vielen Ländern Osteuropas wie etwa in Ungarn, Tschechien, Rumänien oder auch in der Ukraine übernimmt die Reformierten Kirche soziale und gesellschaftliche Verantwortung und kümmert sich insbesondere um sozial benachteiligte und von den staatlichen Sozialdiensten vernachlässigte Menschen. In Tschechien berät die evangelische Kirche mit Unterstützung von HEKS Gastarbeiter bei der Wahrnehmung ihrer Rechte. In Rumänien, Ungarn und der Slowakei unterstützt HEKS Projekte von Kirchgemeinden zur Integration der marginalisierten und diskriminierten Roma. Und in Rumänien fördert HEKS den Aufbau von Spitex-Diensten und unterstützt Opfer häuslicher Gewalt wie auch Menschen mit einer Behinderung. Durch ihre soziale Arbeit erfahren reformierte Kirchen und ihre Institutionen in den jeweiligen Ländern zunehmend gesellschaftliche Anerkennung.
Die protestantischen Partnerkirchen in Syrien und im Libanon sind zwar kleine Minderheitskirchen, doch sie spielen in ihren Gesellschaften eine überdurchschnittlich grosse Rolle. So führen die Partnerkirchen in Syrien zehn Schulen, die von Kindern aus verschiedenen christlichen und muslimischen Gemeinschaften besucht werden. Mit einem Stipendienprogramm für Schüler aus wirtschaftlich schwierigen Verhältnissen hilft HEKS, dass diese Schulen weiterhin Orte sind, wo Kinder mit ganz unterschiedlichem Hintergrund zusammen lernen und leben. Im Libanon erhalten Flüchtlingskinder und solche mit Lernschwierigkeiten Nachhilfeunterricht, damit sie dem Schulunterricht besser folgen können.