Viele Partnerkirchen befinden sich in Mittel- und Osteuropa. Darunter bildet die Familie der ungarisch-sprachigen reformierten Kirchen in Ungarn, der Slowakei, der Ukraine (Transkarpatien), Rumänien (Siebenbürgen) und Serbien (Vojvodina) die grösste Gruppe. In Tschechien arbeitet HEKS mit der Evangelischen Kirche der Böhmischen Brüder zusammen und in Italien mit der Waldenserkirche. Seit 2018 hat die KiZA ihr Mandat auch auf den Mittleren Osten ausgeweitet und arbeitet dort mit reformierten Partnern im Libanon und in Syrien.
